Ursprünglich wurde das MS Connexion als Musik und Sport Freizeitzentrum am 9. August 1982 von dem Jugoslawen Zojin Samardzic gegründet. Daraus resultierten auch die Initialen M & S. Geplant waren damals die Integration einer Tanzschule, eines Jeansshops sowie eine Sauna. Die heutige "Stage" sollte damals ein Schwimmbad werden, wurde aber kurzerhand zu einem Theater umgebaut. Viele dieser Planungsschritte fielen der mangelnden Genehmigung der Stadt Mannheim seinerzeit zum Opfer.
1984 entschloss sich Joachim Bulla als Mitgesellschafter im MS Connexion einzusteigen. Die darauf folgende Zeit von 1984 bis 1994 war geprägt von Streitigkeiten mit der Stadtverwaltung, die dem seinerzeit einmaligen homosexuellen Etablissement keine Sperrzeitverkürzung genehmigen wollte, obwohl ähnliche Heterosexuelle Clubs von dieser Regelung nicht betroffen waren und es in dieser Zeit zu keinen negativen Vorkommnissen und Belästigungen kam. Anwohner und Initiativen gegen das MS Connexion protestierten heftig gegen den laufenden Betrieb mit der Folge, dass ein Verein mit dem Namen "Freunde des MS Connexion" gegründet wurde.
Eine speziell durchgeführte Lärmpegelmessung ergab damals, dass die Lautstärke während dem Betrieb für die Anwohner nicht einmal so laut war, wie ein vorbeifahrender PKW.
Ebenso entschloss das MS Connexion in diesen Jahren, wegen mangelnder Drogenaufklärung, mit dem LKA zusammen eine Anti-Drogenkampagne zu starten.
Nach dem Tod Joachim Bullas übernahm dessen Bruder Joachim die Leitung des Betriebes, mit dem Ergebnis, dass dieser sich stark verschuldete und sich danach ins Ausland absetzte.
Zeitgleich übernahmen Burkhard Hofmeister und Wilfried Schneider die Leitung und bauten den schwer angeschlagenen Club langsam wieder auf.
Am 8. März 2003 feierte das MS Connexion schließlich die große Re-Opening Party, mit neu gestaltetem Mainfloor, unter der neuen Geschäftsleitung von Christian Lömmersdorf, der seit 1999 als Event Organisator im Betrieb beschäftigt war. Die Umbaumaßnamen dauerten 4 Wochen, in denen der Betrieb in der kultigen Fabrikhalle eingestellt werden musste. Durch die Aufhebung des rein "schwulen Samstages" war es fortan auch Frauen möglich, am beliebten Partytreiben teilzunehmen.
Inzwischen steht der MS Connexion Complex unter neuer Leitung wieder inmitten von Mannheims Nachtleben. Einige neue Konzepte und Veranstaltungen sollen jetzt zu einer Wiederbelebung einem der ältesten Clubs in der Region führen.